Osadnictwo w okolicy Kłodzka rozpoczęło się już w okresie wczesnośredniowiecznym, a nawet jeszcze wcześniej. Tędy przechodziła jedna z odnóg tzw. szlaku bursztynowego. Pod koniec X wieku gród należał do suwerennego państwa libickiego, którego władcą był Sławnik, ojciec św. Wojciecha – data śmierci Sławnika (981 r.) zanotowana przez czeskiego kronikarza Kosmasa, jest pierwszą wzmianką historyczną o Kłodzku.
Przez cały XI w. Ziemia kłodzka była terenem uporczywych walk między Piastami, a Przemyślidami. W 1003 r. Kłodzko zostało na krótko opanowane przez Bolesława Chrobrego. W 1114 r. gród został zdobyty przez księcia Sobiesława I, który w 1137 r. zawarł z Bolesławem Krzywoustym pokój zielonoświątkowy, potwierdzający przynależność ziemi kłodzkiej do Czech.
W 2 połowie XII w. położone u stóp kasztelańskiego zamku podgrodzie zaczęło przekształcać się w osadę o charakterze rzemieślniczo-targowym, zamieszkiwaną przez ludność słowiańską. Rejon na północ od rynku kolonizowany był przez Niemców. Kolonizacja niemiecka wzmogła się po przybyciu w 1169 r. do Kłodzka joannitów. Rozpoczęli oni budowę pierwszego kościoła na obecnym placu Kościelnym.
Rozwinięta z podgrodzia osada targowa przekształciła się w miasto, zanim nastąpiła oficjalna lokacja. Niestety nie zachował się dokument lokacyjny, ale niektórzy historycy uważają, że mogło to nastąpić już w 1223 r. Natomiast herb przedstawiający lwa z dwoma ogonami został nadany miastu dopiero za panowania Przemysła Ottokara (1253–1278). Pierwsza wzmianka o wójcie kłodzkim pochodzi z 29 marca 1275 r. W miejsce kasztelanów władzę w mieście objęli wójtowie. W zamku wybudowanym po 1129 r. na Górze Zamkowej rezydowali starostowie – namiestnicy królewscy, zarządzający całą ziemią kłodzką. Na zasadzie dożywotniego lenna ziemią kłodzką władali Piastowie śląscy: Henryk IV Probus (1278–1290), Henryk VI Dobry (1327–1335) i Bolko II Ziębicki (1337–1341).
W wyniku lokacji uformował się nowy układ przestrzenny miasta, który z niewielkimi zmianami przetrwał do dzisiaj. W 1324 r. miasto wykupiło wójtostwo. Od 1310 r. joannici prowadzili w mieście szkołę parafialną, której najwybitniejszym uczniem był późniejszy arcybiskup praski Arnoszt z Pardubic. W 1349 do Kłodzka za sprawą Arnoszta przybyli augustianie, którym arcybiskup ufundował klasztor i kolegiatę na Górze Zamkowej. W jego skryptorium powstał najprawdopodobniej Psałterz floriański.
Rozwój Kłodzka został częściowo zahamowany przez wojny husyckie; do ponownego ożywienia doszło dzięki królowi Jerzemu z Podiebradów, który ustanowił miasto w 1458 r. siedzibą hrabstwa. W 1501 r. Kłodzko i całe hrabstwo odkupił od Podiebradów Ulrich von Hardeck. Wiek XVI rozpoczął korzystny okres w dziejach miasta, trwający do wojny trzydziestoletniej.
W 1526 r. Kłodzko wraz ze Śląskiem i Czechami przeszło pod panowanie Habsburgów. Okres ten naznaczony był konfliktami społeczno-religijnymi związanymi z reformacją. W 1562 r. luteranie stanowili większość mieszkańców Kłodzka, przejmując kościół parafialny. Reformacja przyczyniła się również do upadku klasztorów bernardynów i franciszkanów w mieście. budynki klasztorne zamieniono na szpitale, a ogrody na cmentarze dla mieszkańców przedmieść.